Если функция управления государственным имуществом реализуется путем совершения конкретных актов распоряжения имуществом, а функция разрешения споров о правах на недвижимость - путем рассмотрения дел и вынесения судебных решений, то функция регистрации объекта представляет собой деятельность государства по фиксации и удостоверению бесспорных фактов и состояний. Применительно к недвижимости речь идет об установлении фактов, необходимых для возникновения, изменения и прекращения прав на объекты недвижимости, фиксации на этом основании возникновения, изменения или прекращения этих прав и удостоверения этих обстоятельств.

В связи с этой спецификой регистрирующие органы должны представлять самостоятельную систему, полностью отделенную от любых органов, осуществляющих иные функции в сфере недвижимости.
Законом о регистрации эта проблема в целом решена - в качестве регистрирующих органов указаны "федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области государственной регистрации (далее также - федеральный орган в области государственной регистрации, орган, осуществляющий государственную регистрацию прав), и его территориальные органы, действующие в соответствующих регистрационных округах" (ст. 9 Закона о регистрации).
Однако этот подход далеко не всегда был бесспорным. Ранее уже говорилось о том, что исторически функция регистрации в нашей стране была соединена с функцией технической инвентаризации. В период подготовки Закона о регистрации велись ожесточенные дискуссии и межведомственная борьба за функцию регистрации, в которой участвовали органы юстиции, органы технической инвентаризации и органы кадастрового учета. И на стадии разработки и принятия Закона о регистрации, да и после его введения в действие раздавались и раздаются призывы "вернуть" регистрацию в лоно технической инвентаризации и землеустройства. Одной из основных причин этого являлась исторически сложившаяся в СССР система регистрации недвижимости, которая была ориентирована в первую очередь на описание объектов недвижимого имущества (техническую инвентаризацию). По этой системе сведения о владельце (собственнике) вносились в технический паспорт объекта наряду с другими данными, характеризующими объект. Эта практика органов технической инвентаризации породила глубоко неверное, но укоренившееся представление о том, что вопрос регистрации (технического описания) объекта и вопрос регистрации прав на него являются неразрывными и должны осуществляться в рамках единых процедур и одним и тем же органом.